U-20 Mexico

Javier Hernández được gọi vào danh sách 21 cầu thủ đội U-20 quốc gia, tham dự FIFA World Cup U20 2007 tổ chức ở Canada và anh mặc chiếc áo số 11.[15]

Đội tuyển Mexico

Ngày 30 tháng 9 năm 2009, trong trận đấu giữa Mexico 1-2 Colombia, Hernández có lần ra sân đầu tiên trong màu áo đội tuyển quốc gia, với 1 pha kiến tạo thành bàn. Anh thi đấu khá nổi bật trong chiến dịch vòng loại World Cup 2010 (bao gồm vòng loại và giao hữu trước thềm World Cup) của Mexico, khi liên tiếp lập công.

Anh được ra sân thi đấu lần đầu tại vòng chung kết World Cup 2010 vào ngày 11 tháng 6 năm 2010, sau khi được vào thay Guillermo Franco phút 73 trong trận hòa 1-1 giữa Nam Phi với Mexico.[16] Trận đấu tiếp theo, anh lại vào sân từ ghế dự bị và xuất sắc ghi bàn mở tỉ số giúp Mexico đánh bại Pháp với tỉ số chung cuộc 2-0, nhận được đường chọc khe tinh tế từ Rafael Marquez, anh lừa qua thủ môn Hugo Lloris của đội bạn và kết thúc gọn gàng vào lưới trống. Bàn thắng này làm người ta liên tưởng đến ông nội anh, Tomas Balcazar, người cũng đã ghi bàn trong một trận đấu với Pháp ở World Cup 1954.[17] Anh cũng được bầu chọn là Cầu thủ xuất sắc nhất trận đấu.[18] Ngày 27 tháng 6 năm 2010, Hernández đã có trận đấu đầu tiên ra sân trong đội hình một của mình tại một kỳ World Cup và có được bàn thắng tứ hai của mình tại giải đấu này, bằng cách đảo bóng lừa qua hậu vệ Martin Demichelis trước khi thực hiện một cú sút bằng chân trái vào góc cao nhưng đáng tiếc nó chỉ giúp Mexico có bàn thắng danh dự trong trận thua 3-1 ở vòng 16 trước Argentina.[19] Theo các phân tích và thống kê của FIFA cho thấy Hernández là cầu thủ chạy nhanh nhất tại World Cup 2010, anh đạt tốc độ tối đa 32,15 km/giờ.[20]

Hernández có thêm một bàn thắng khác trong trận đấu giao hữu với đương kim vô địch thế giới Tây Ban Nha vào ngày 11 tháng 8 năm 2010 trên sân nhà Azteca, anh ghi bàn ở phút thứ 12 nhưng Mexico đã không thể có được một trận thắng khi David Silva gỡ hòa cho đội khách đúng vào phút 90.

Tại World Cup 2018, anh chỉ có được một bàn thắng trong trận thắng 2-1 trước Hàn Quốc.

Bàn thắng quốc tế